Sự nổi lên của các vương quốc tập trung hóa của người Sakalava, Merina và các dân tộc khác hình thành nên các quân đội thường trực đầu tiên trên đảo vào khoảng thế kỷ XVI. Ban đầu, các quân nhân được trang bị với giáo, song sau đó là với súng hỏa mai, súng thần công và các sùng cầm tay khác.[91] Đến khoảng đầu thế kỷ XIX, các quân chủ người Merina của Vương quốc Madagascar kiểm soát được phần lớn đảo nhờ huy động được một quân đội được đào tạo và số quân nhân được vũ trang lên đến 30.000 người.[92] Các cuộc tấn công của Pháp vào các đô thị ven biển vào cuối thế kỷ XIX thúc đẩy Tể tướng đương thời là Rainilaiarivony khẩn khoản người Anh giúp cung cấp sự huấn luyện cho quân đội của vương quốc. Mặc dù được các cố vấn quân sự người Anh huấn luyện và lãnh đạo, quân đội Malagasy vẫn không thể chống cự trước các vũ khí của người Pháp và buộc phải đầu hàng sau một cuộc tiến công vào vương cung tại Antananarivo. Madagascar được tuyên bố là một thuộc địa của Pháp vào năm 1897.[93]

Độc lập chính trị và chủ quyền của các lực lượng vũ trang Malagasy, bao gồm lục quân, hải quân, và không quân, được khôi phục khi quốc gia giành độc lập từ Pháp vào năm 1960.[94] Kể từ đó, quân đội Malagasy chưa từng tham gia vào xung đột quân sự với quốc gia khác hay trong biên giới của mình, song đôi khi tiến hành can thiệp nhằm khôi phục trật tự trong các giai đoạn bất ổn định chính trị. Dưới chế độ Đệ Nhị Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa, Đô đốc Didier Ratsiraka áp đặt nghĩa vụ quân sự hoặc dân sự bắt buộc với toàn bộ thanh niên Madagascar bất kể giới tính, chính sách này duy trì hiệu lực từ năm 1976 đến năm 1991.[95][96] Quân đội nằm dưới quyền chỉ huy của Bộ trưởng Nội vụ[80] và vẫn trung lập ở mức độ cao trong các thời kỳ khủng hoảng chính trị, như trong bế tắc kéo dài trong cuộc bầu cử tổng thống gây tranh cãi năm 2001, khi đó quân đội từ chối can thiệp để ủng hộ một trong hai ứng cử viên. Truyền thống này bị phá vỡ vào năm 2009, khi một bộ phận quân đội đào ngũ sang phía Thị trưởng Antananarivo đương thời là Andry Rajoelina để ủng hộ nỗ lực của người này nhằm buộc Tổng thống Ravalomanana từ bỏ quyền lực.[87]

Bộ trưởng Nội vụ chịu trách nhiệm với lực lượng cảnh sát quốc gia, lực lượng bán quân sự (gendarmerie) và cảnh sát mật.[80] Cảnh sát và lực lượng bán quân sự lập đồn và quản lý ở cấp địa phơng. Tuy nhiên, vào năm 2009 có ít hơn một phần ba số xã có thể tiếp cận các dịch vụ của lực lượng an ninh này, với hầu hết là thiếu trụ sở cấp địa phương cho lực lượng.[89] Tòa án cộng đồng truyền thống, được gọi là dina, do những người cao tuổi hoặc các nhân vật đại diện khác chủ trì. Chúng vẫn là một cách thức quan trọng để tư pháp được thực thi tại các khu vực nông thôn, vốn là những nơi mà nhà nước có sự hiện diện còn yếu kém. Về mặt lịch sử, an ninh trên toàn đảo quốc tương đối cao.[87] Tỷ lệ tội phạm bạo lực ở mức thấp, và các hoạt động tội phạm chủ yếu là tội phạm cơ hội như móc túi và trộm vặt, song mại dâm trẻ em, buôn bán người và sản xuất-mua bán cần sa và các loại ma túy trái phép khác đang tăng lên.[80]